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(1)超声波细胞粉碎机换能器在支架上要固定牢靠，防止从立杆上突然下滑，变幅杆末端切勿碰撞，防止变形或损伤。
(2)破碎样品量的、时间的长短、功率的大小有待于用户根据不同介质摸索而定，选取佳值。该超声波细胞粉碎仪输出功率较大，如选用φ2、φ3、φ6变幅杆时，应把功率开得小些，以免变幅杆过载而断裂。
(3)使用一定时间后超声波细胞粉碎仪的变幅杆末端会被空化腐蚀而发毛，可用油石或锉刀锉平，否则会影响工作效果。多次锉磨后，变幅杆比原来短了，此时会出现功率小或发不出声，在这种情况下，可把后面板中的选择开关拨到相应的位置，就可正常工作。这样可大大延长变幅杆的使用时间。
(4)如破碎量在5ml以下，选用φ2或φ3变幅杆，此时变幅杆的插入深度可在1cm 左右，变幅杆末端离容器底部的距离可根据功率大小而定，小不能小于0.5cm，原则上在发声时不打空、不飞溅，如出现打空、飞溅现象，应把功率再开得小些，声时间短些，以免损坏变幅杆（声时间设置在0.5秒至1秒间）。
(5)功率表显示的数值与电压、变幅杆插入液面的深度及负载有关变幅杆插入液面过15mm，负载浓度太大，显示数值可能要小一些，反之稍高。此时数据为模拟参数，它的大小不影响声发射的实际功率。
(6)超声波细胞粉碎仪不需要预热，使用时应有良好的接地。
(7)超声波细胞粉碎仪在声破碎时，由于超声波在液体中产生空化效应，使液体温度很快升高，用户对各种细胞的温度要求要多加注意，建议采用短时间多次破碎，同时可外加冰浴冷却。
(8)超声波细胞粉碎仪应安放在干净、干燥处，不可放置在潮湿、高温、灰尘较多及有腐蚀性气体等地方。
(9)容器容量及形状的选择，应与样品的相协调，实践证明容器应选择细长型破碎效果较好。好变幅杆末端离容器底部应在于3cm 以上，功率过400W以上，变幅杆末端离容器底部应大于5cm .
