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抗体的功能区分为V区和C区，而不同的区域也行使了不同的功能。
抗体V区的功能是结合抗原（中和毒素和阻止病原体入侵），V区的CDR部位在识别和结合特异性抗原中起决定性作用。抗体有单体、二聚体和五聚体形式，因此决定了抗原结合表位的不同，单体(IgG\IgE)可结合2个抗原表位，为双价。二聚体(SIgA)可结合4个抗原表位，为4价。五聚体(IgM)理论上可以结合10个抗原，但由于立体构象的空间位阻，使lgM一般只能结合5个抗原表位，故为5价。抗体C区的功能较V区而言相对复杂，主要有以下几个方面的功能：
1、特异性结合抗原：抗体本身不能直接溶解或杀伤带有特异抗原的靶细胞，通常需要补体或吞噬细胞等共同发挥效应以清除病原微生物或导致病理损伤。然而，抗体可通过与病毒或毒素的特异性结合，直接发挥中和病毒的作用。
2、激活补体：IgM、IgG1、IgG2和IgG3可通过经典途径激活补体，凝聚的IgA、IgG4和IgE可通过替代途径激活补体。
3、结合细胞：不同类别的免疫球蛋白，可结合不同种的细胞，参与免疫应答。
4、可通过胎盘及粘膜：免疫球蛋白G(IgG)能通过胎盘进入胎儿血流中，使胎儿形成自然被动免疫。免疫球蛋白A(IgA)可通过消化道及呼吸道粘膜，是粘膜局部抗感染免疫的主要因素。
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